포켓몬 레인저와 바다의 왕자 마나피

이세상의 바다 어딘가에 아직 누구도모르는 전설의 포켓몬이 탄생한다. 광대한 바다를 무대로, 포켓몬 사상최대의 미션이 시작된다. 황무지에서 헤매던 지우와 피카츄 일행은 수중 포켓몬 쇼 로 유명한 마리나 서커스단의 톱스타 이자벨과 만나게 된다. 이자벨은 수중 포켓몬들의 마음을 헤아릴 수 있는 물의 일족 의 후예. 지우는 이자벨로부터 물의 일족 에게 내려오는 전설을 듣게 된다. 바다 어딘가에 그 물의 일족이 만들어 낸 바다의신전 아크셔가 있고, 그곳에는 바다의 왕관이라 불리는 보물이 숨겨져 있다. 그러나 이직 이를 본 사람은 아무도 없다고 한다. 그곳에 전설의 수수께끼를 쫓고 있던 포켓몬 레인저 잭 워커가 나타난다. 잭은 비밀 미션으로 바다 포켓몬들의 리더인 바다의 왕자 마나피의 알을 지켜, 그것을 바다의 신전 아크셔까지 가져가야 한다고 한다. 이에, 이자벨과 지우 일행은 미션에 동참하기로 한다. 캡처 스타일러로 포켓몬들의 힘을 빌려 앞장서는 잭! 지우와 피카츄도 나선다. 그러나, 하이테크메이커를 조작하는 팬텀은 기대 이상의 강한 상대! 바로 이때, 마나피가 알에서 깨어난다.